首先，政府支持力度小，财政投入不足。当前中央政府大力推进绿色食品和无公害食品产业的发展，并且向农民提供金融支持以鼓励他们转变传统的农业生产方式。相对来说，中央政府对于有机农业的发展虽然持有积极的态度，但是到现在为止，还没有实质性的资源投入。在中央政府支持的背景下，许多地方政府，特别是东部和南部经济发达地区，都有意向发展有机农业，并且已经开始启动一些实验性项目和研究，但是，这些地方政府的支持主要针对的是有机认证方面，并且支持力度较小，难以整体推进有机农业的发展。我国多数有机农业研究项目是受到来自于国际机构的资助和支持，这些国际机构主要包括：国际农业开发基金会(IFAD)、亚洲开发银行研究所(ADBI)、亚太经合组织(APEC)等。

其次，生产技术研究工作落后，推广服务体系薄弱。当前，我国有机农业发展迫切需要大量具有实际价值的有机农业生产技术、政府支持政策以及有机产品的生产和营销三个方面的支撑。在技术方面，尽管现在我们已有一个有机质量控制体系可以使得产品符合有机标准的相关规定，但是在生产方面，大量缺乏关于病虫害防治、土壤肥力保持等方面的生产技术的研究和应用，从而大大限制了我国有机农业产量的提高和规模的发展。在政府政策制定方面，我国到现在为止还没有一个国家层次上的有机农业研究合作平台。在过去30年中，大多数研究工作主要集中在生态农业和绿色食品方面，却没有具体的关于有机农业的研究支持计划。对于从事有机农业生产的农户来说，国家既没有政策性的鼓励，也没有财政性的扶持帮助他们获得生产管理方面的指导和咨询，这就导致了一种尴尬的局面。一方面，农民迫切希望获得有机农业生产相关的指导和帮助;另一方面，一些有机农业咨询服务机构却没有市场和对象开展咨询指导业务。在我国，现在已有将近30家有机认证机构从事有机产品的认证业务，却仅仅只有5家来自大学和科研机构的专业有机农业咨询组织，并且它们大多数注重于建立产品质量控制体系，而不是开展生产技术的咨询服务。同时，地方农技推广服务体系也缺乏相应的技术和人员来开展有机农业的服务工作，尚未有效发挥对于有机农业技术的推广作用。

最后，生产组织形式缺乏创新，营销方式效率低下。在生产营销方面，我国大部分有机产品是由小规模农户组织生产与管理的。尽管许多小农户被公司通过某些模式组织成生产者群体，但是这些群体是松散的，并没有被很好的组织和管理起来。很多农户根本无法理解有机产品的真正内涵，只是受到经济方面的吸引而与公司进行合作。这些农户缺乏对于有机农业的认识和了解，无法掌握高水平的有机农业生产方法，导致有机农业生产水平落后，产量低下，品质难以得到保证。在有机产品营销方面，小规模的农户处于市场的不利地位，不能直接进入市场当中，难以形成有效的市场宣传手段和建立良好的品牌知名度，使得目前的有机产品市场具有鱼龙混杂、管理混乱、价格昂贵等诸多缺陷，严重影响了人民群众对于有机产品的信任和消费。

有机农业产业化拓宽了有机农业的领域,包括有机农产品生产,有机农产品初加工、深加工,有机农产品储运保鲜,有机农产品专卖店,有机农产品配送到家等,实现了有机农产品多层次、多环节增值。将有机农产品加工业、运输业、储运业、销售业整合为一条产业链,可以为部分农村劳动力提供更多的就业机会。有机农业产业化还加速了农业、工业、服务业之间以及城乡之间优势互动与协调发展,使信息、资本、技术与管理人才、资源等生产要素得到更合理配置。

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